Sebelum tertubuhnya Jabatan Laut Malaysia, Jabatan Laut terdiri daripada 3 buah Jabatan iaitu Jabatan Laut Semenanjung Malaysia, Jabatan Laut Sabah dan Jabatan Laut Sarawak yang mempunyai Ketua Perkhidmatan yang berbeza.

Pada 1 Januari 2011, Jabatan Laut Semenanjung Malaysia telah bergabung dengan Jabatan Laut Sabah dan Jabatan Laut Sarawak dan dikenali sebagai Jabatan Laut Malaysia di bawah Ketua Pengarah Laut, Jabatan Laut Malaysia yang pertama iaitu YBhg. Dato’ Kapten Haji Ahmad Bin Othman.